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Anforderungen an die Proben und Probengenerierung

WICHTIG:
Die bei uns abgegebenen Proben zur massenspektrometrischen Analyse müssen biologisch inaktiviert sein, d.h., sie dürfen keine lebenden Organismen/Zellen oder infektiöses Material (intakte Viren, etc.) enthalten. 

Proteomics-Applikationen und PTM-Analytik

Anbei geeignete Protokolle zur Probengenerierung von Proteomics-Proben auf Nutzerseite in pdf-Form zum Download aus dem Intranet (da die Protokolle nicht von uns selber erstellt wurden ist eine Verwendung nur uni-intern zulässig und eine weitere Verbreitung ist untersagt):

• Vorschrift 1
• Vorschrift 2

Für einen normalen Verdau einer komplexen Probe reichen 10-50 µg Gesamtprotein aus, für Anreicherungsverfahren aus komplexen Proben wie z.B. PTM-Analytik sollte es min. 1 mg Material sein. Für wenig komplexe Proben (z.B. Pull-Downs, gereinigte Proteine) sollte man sich in etwa an der Menge orientieren, die man typischerweise auf ein SDS-Gel laden würde um mittels Silber- oder Coomassiefärbung klare Banden zu sehen. Dies gilt auch für die PTM-Analytik aus weniger komplexen Proben.

Falls silbergefärbte Gelbanden analysiert werden sollen zur Färbung bitte nach diesem Protokoll vorgehen: MS-kompatible Silberfärbung

Bitte beachten Sie auch die "Tipps zur Probenvorbereitung".

Massenbestimmung intakter Proteine (denaturierend)

ca. 20 µL einer 5-50 µM Lösung, der Puffer kann frei gewählt werden

Massenbestimmung intakter Proteine (nativ)

min. 300-400 µL einer 5-50 µM Lösung in reinem Ammoniumacetatpuffer (max. 100 mM, je weniger, desto besser) ohne weitere "nicht-flüchtige" Zusätze wie z.B. NaCl