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Software

Wir entwickeln open-source Software um große Datensätze in der Biodiversitätsforschung und Naturschutz zu kuratieren und analysieren (Github).

IUCNN

IUCNN ist ein open-source R-Paket um den Rote-Liste Status für Arten vorherzusagen, die bisher noch nicht offiziell für die IUCN globale Rote Liste[www.iucnredlist.org] untersucht wurden. IUCNN nutzt eine Künstliche Intelligenz um mit Hilfe von Deep learning den Rote Liste Status aus Artmerkmalen, geographischer Verbreitung und Fernerkundungsdaten vorherzusagen. Mit diesem Ansatz kann IUCNN den Rote Liste Status für viele tausende Arten mit einer Genauigkeit von über 80% innerhalb weniger Minuten vorhersagen. IUCNN ist als R-Paket verfügbar und wir beschreiben die Methode im Detail in dieser Veröffentlichung (Zizka et al., 2022).

Bio-Dem

Bio-Dem ist eine open-source Webapp um die Verbindung zwischen der Verfügbarkeit von Biodiversitätsdaten und der sozio-politischen Situation in Ländern weltweit darzustellen und zu verstehen. Bio-Dem besteht aus drei interaktiven Graphen, und verbindet die Verfügbarkeit von Artverbreitungsdaten von der Global Biodiversity Information Facility mit sozio-politischen Informationen des Varieties of Democracy Instituts. Mit Bio-dem können Nutzer Veränderungen in der Verfügbarkeit von Verbreitungsdaten und Demokratisierungsstand im Verlauf des 20 Jahrhunderts weltweit vergleichen. Mit Hilfe von Bio-Dem konnten wir zeigen, dass die Verfügbarkeit von Biodiversitätsdaten von dem Demokratisierungsstand und Kolonialer Geschichte abhängt (Zizka et al., 2021). Bio-Dem hat den ersten Preis in der Ebbe Nielssen Challenge 2021 gewonnen.

SampBias

SampBias ist eine neue Methode um den Einfluss geographischer Zugänglichkeit von Gebieten für Biodiversitätsforscher auf die Sammlungsintensität von Verbreitungsdaten zu messen und auf Karten darzustellen. SampBias ermöglicht es sowohl den Effekt einzelner Infrastrukturen (zum Beispiel Siedlungen, Straßen, Flüssen) zu vergleichen, als auch den gesamten Sampling bias zwischen verschiedenen Datensätzen (zum Beispiel von verschiedenen Taxa oder Regionen) zu vergleichen. SampBias ist ein einfach zugängliches open-source R-Paket mit detaillierter Dokumentation und Tutorial und wissenschaftlicher Veröffentlichung, die die Methode im Detail beschreibt (Zizka et al., 2021). SampBias hat den 2. Platz der Ebbe Nielsen Challenge 2016 belegt.

CoordinateCleaner

CoordinateCleaner ist ein R-Paket um fehlerhafte geographische Koordinaten in großen Datensätzen zur Verbreitung biologischer Arten zu erkennen. CoordinateCleaner erkennt automatisch eine Vielzahl von typischen Georeferenzierungsproblem in biologischen Datenbanken, zum Beispiel unter anderem invalide Koordinaten, Koordinaten in Ozeanen, Koordinaten auf Landes- oder Provinzmittelpunkten, Hauptstätten und Orten biologischer Sammlungen, Koordinaten, die vermutlich stark gerundet wurden sowie unpräzise Datierung in Fossilien. CoordinateCleaner ist open-source und Teil der Ropensci Softwarepalette. Zu CoordinateCleaner gibt es ausführliche Dokumentation und Tutorials und eine wissenschaftlichen Veröffentlichung in der wir die Methode beschreiben (Zizka et al., 2019).