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Single Cell Multiomics

Die Single Cell Multiomics-Unit führt komplexe Einzelzellanalysen auf der Basis des BD Rhapsody Systems durch. Mit dieser Methode ist eine zuverlässige Einzelzellauftrennung mit sehr geringen Multiplet-Raten durch BDs spezielle Cartridge-Microwell Partitionierungsmethode garantiert. Von ausgewählten Gen-Panels (auch individualisierbar) mit hoher Spezifität für die jeweilige Fragestellung, über VDJ CDR3 Analysen, bis zu Whole Transkriptome Analysen (WTA) werden alle gängigen Expressionsanalysen auf Einzelzellebene angeboten. Target- bzw. Fragestellungs-spezifische Genanalysen haben den Vorteil, dass selbst extrem niedrig exprimierte RNAs mit hoher Sensitivität detektiert werden können, während  WTA-Analysen zur Identifikation unbekannter Genexpressionsmuster geeignet sind, allerdings eine deutlich höhere Sequenzierrate erfordern. Zusätzlich ist über die AbSeq-Technologie (DNA-markierte Antikörper) eine Oberflächenmarker-Analyse einfach in den Work-flow zu integrieren. Hierbei sind über 100 Oberflächenmarker gleichzeitig ohne Einschränkungen kombinierbar, was eine klassische Charakterisierung der Zellen ermöglicht, wie man es z.B. von der Flowzytometrie kennt. Diese Klassifizierung in Kombination mit den Transkriptomdaten auf Einzelzellebene ermöglicht es, selbst seltene oder schwer identifizierbare Zelltypen oder Aktivierungszustände zu detektieren. Darüber hinaus lassen sich problemlos durch FACS-Sortierung oder andere Methoden angereicherte Zellpopulationen im Rhapsody-System analysieren, selbst wenn dies mit Oberflächenmarkern erfolgt, die auch für das AbSeq-Labeling eingesetzt werden sollen. Zudem ist es möglich, mehrere Proben via Multiplexing im selben Experiment zu analysieren und in der bioinformatischen Analyse problemlos wieder den einzelnen Originalproben zuzuordnen.

Service-Leistungen

•   Ausführliche Beratung und Unterstützung im experimentellen Design und Durchführung
•   Viability Messungen und Zellzahl Bestimmung
•   Einzelzell-Partitionierung
•   Generierung von Sequenzierbibliotheken für separate und/oder kombinierte Einzelzell-Oberflächenmarker-, Transkriptom- und Multiplex-Analysen (Multiomics)
•   Bioinformatische Basisauswertung

Achtung: Die Sequenzierung der Proben ist nicht Bestandteil des Angebots dieser Einheit, kann aber durch die „Next Generation Sequencing (NGS)“ Einheit der Core Facility übernommen werden.

Ansprechpartner
Kim Pauck