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Geräte
Next Generation Sequencing
Illumina NextSeq550
Der NextSeq550 ist ein Hochdurchsatz-Sequenzierer der entweder mit einer Mid-Output oder High-Output Flow Cell betrieben werden kann.
Mit den aktuell verfügbaren Kits können Readlängen bis 150 Basen erzeugt werden. Hierbei können entweder Single-Read (SR) oder Paired-End (PE) Sequenzierungen durchgeführt werden.
Mit einem typischen Lauf erzeugen wir so ca. 400 Mio. Reads pro High-Output Flowcell.
Illumina MiSeq
Je nach Anwendung stehen für den MiSeq vier verschiedene Flow Cells bzw. Laufkonfigurationen zur Verfügung.
Mit den aktuell verfügbaren Kits können Readlängen bis 300 Basen erzeugt werden.
Der erwartete Output beträgt 1, 4, 15 bzw. 25 Mio. Reads.
Diagenode IP-Star
Der Pipettier-Roboter "IP-Star" von Diagenode ermöglicht uns eine automatisierte und somit standardisierte Präparation von RNA- sowie ChIP-Sequenzierbibliotheken.
Des weiteren steht das Gerät für die automatisierte Durchführung von ChIP-Experimenten zur Verfügung.
Single Cell Multiomics
BD Rhapsody
Mit dem BD Rhapsody System ist eine zuverlässige Partitionierung einer Zellsuspension zur Einzelzellanalyse möglich. Die Suspension wird in einer Microwell-Cartrige so verteilt, dass bis zu 25.000 Zellen einzeln in separate Wells zugeordnet werden. Anschließend wird die RNA der einzelnen Zellen an durch Barcodes individuell identifizierbare Beads gebunden. Anschließend werden Sequenzierbibliotheken für Targeted Transkriptom Panels oder Whole Transkriptom Analysen generiert, die dann sequenziert und bioinformatisch ausgewertet werden.
In diesem System ist es zusätzlich möglich, Zellen vorab gleichzeitig mit einer Vielzahl an Antikörpern gegen Oberflächenstrukturen zu markieren, die anschließend ebenfalls auf Einzelzellebene quantifiziert werden können. Diese Information kann dann bioinformatisch mit den Transkriptomdaten zusammengeführt werden.
Zusätzlich ist Multiplexing mehrerer Proben in einem Run problemlos möglich. Dies ermöglicht das Poolen von Proben in einer Analyse, wobei die einzelnen Zellen und ihre Informationen bioinformatisch ihrem Probenursprung zugeordnet werden können und somit eine direkte Vergleichbarkeit ermöglicht wird.
Eine kontinuierliche In-Prozess-Kontrolle des gesamten Workflows garantiert dabei ein hohes Maß an Qualitätssicherung.
10X Genomics
10X Genomics Chromium Controller
Der 10X Genomics Chromium Controller nutzt die Next GEM Technologie, wodurch die integrative Analyse tausender einzelner Zellen ermöglicht wird. Im Controller werden gebarcodete Gel-Beads mit Zellen oder Zellkernen einer Zellsuspension und Enzymen zusammengebracht. Mittels Trenn-Öl werden auf einem 8-Kanal Chip einzelne Emulsionströpfchen erzeugt (GEM = “Gel Bead-in-emulsion”), die als individuelle Reaktionsvesikel fungieren. Nach der Amplifizierung enthalten alle Fragmente einer gleichen Zelle einen gemeinsamen 10X-Barcode. Die Bibliotheken tausender Zellen können gepooled werden und sind auf short-read Sequenzierern, z.B. der Next Generation Sequencing Unit, nutzbar.